FN P90 построен по схеме буллпап, автоматика работает по схеме со свободным затвором.

Магазин (конструктор — Rene Predazzer, патент США № 4 905 394 от 6 марта 1990 года) установлен поверх ствольной коробки и его ёмкость составляет 50 патронов, при этом патроны расположены горизонтально, перпендикулярно стволу и разворачиваются на 90 градусов перед подачей в патронник. Он сделан из прозрачного пластика, что позволяет стрелку в любой момент узнать количество патронов в нём. Наполнение магазина производится обычным образом. Стреляные гильзы выбрасываются вниз, через полую рукоятку управления огнём. FN Р90 оборудован встроенным коллиматорным прицелом кратности 1Х с прицельной сеткой в виде буквы Т. Прицельная сетка имеет автоматически регулируемую подсветку в зависимости от наружной освещённости; также оружие оснащено лазерным целеуказателем, расположенным снизу. Кроме того, к нему прилагается глушитель, но его эксплуатация возможна лишь в том случае, если используются патроны с дозвуковой скоростью. В то же время одной из основных задач было максимальное снижение веса оружия и боеприпасов. Бельгийские конструкторы пошли по пути создания малокалиберного патрона с высокой начальной скоростью пули и разработали соответствующий поставленным требованиям боеприпас, обладавший так же настильной траекторией полета пули и дававший небольшой силы отдачу, что облегчало ведение огня и поражение противника для неопытных солдат со слабой огневой подготовкой. Такой комплекс оружие-патрон был призван в перспективе заменить в действующих армиях стран НАТО пистолеты и пистолеты-пулеметы под традиционный патрон 9 мм Парабеллум.